投资备兑权证所面临的风险主要有三方面：一是价格风险，备兑权证的波动幅度要大于股票市场，如果到期时备兑权证成为价外证，则投资者所投资金将损失；二是流动性风险，若标的股票的交易量缩小，投资者无法以合理的价格完成交易的风险；三是信用风险，若备兑权证到期结算时，发行机构无法履行结算义务，投资者也将面临风险。

　　对于发行人来说，发行备兑权证也面临风险。若发行人发行认购权证后，市场股价出现大幅上涨，则在到期结算时，发行人需向权证持有人给付股票或支付股票市价与行使价差额的现金。如果在发行备兑权证时，发行人拥有足够的股票，则到期时发行人是可以履行结算义务的，因此风险不大。有的市场要求备兑权证的发行人在发行备兑权证时必须拥有同一等值的股票或备兑权证的有关资产，并将这些股票和资产抵押给一名独立受托人，由受托人代表持有人的利益，这种要求实质上是为了控制发行人的风险。但这种要求增加了发行人发行备兑权证的成本，降低了发行人资产的流动性，对市场并不一定有利。比如2001年年底香港市场的新规则中，取消了要求发行商持有一定正股比例才可发行认股证的要求，新条例发行商不需要买卖正股对冲发行认股证的风险，也可采取场外期权、场内期权、期货、高息票据等多种方式来对冲发行认股证的风险。

　　如果发行人发行备兑权证时，并不拥有相应的标的股票资产，那么发行人如何控制风险呢？一般情况下，发行人每天会根据股价的历史波动，算出一个风险系数，估计权证行使的可能性大小来增减其手头的正股。实际中，发行人并非每个交易日都做足对冲（full－hedge），因为存在印花税等交易费用，会大大增加避险成本，券商一般采取定期或亏损一定比例后再进行资产调整。